V čele Podstpenitenciární duchovní péče, z.s., (PDP) dle stanov stojí Generální koordinátor jako statutární orgán sociálně prospěšné společnosti s celorepublikovou působností; jeho úkolem je výkon pravomocí a povinností z této funkce vyplývajících. V současné době je jím Bc. Jan Večeřa, otec tří dětí, který je civilním povoláním pracovníkem Památkového úřadu.
Činnost PDP je rozdělena do regionů, v jejichž čele stojí Regionální koordinátoři. Kromě nich existují Koordinátoři s omezenou působností, příslušní pro určitou oblast – právní, duchovenskou apod. Všichni koordinátoři spolu s Generálním koordinátorem vytvářejí Radu koordinátorů, která funguje jako výkonný výbor. Nejvyšším orgánem PDP je pak Spolkový sněm (schází se jednou nebo dvakrát do roka).
Generálním koordinátorem jmenovaný sociální pracovník (v postavení koordinátora s omezenou působností) monitoruje činnost jednotlivých duchovních moderátorů, což jsou většinově duchovní z různých státem uznaných církevních společenství, jejichž příslušnost je přímo úměrná vyznání jednotlivých klientů (buď ve výkonu trestu, nebo před jeho nastoupením nebo po výkonu trestu). Duchovní moderátoři mají vysokoškolské filozofické, teologické nebo jiné vzdělání.
Veškerá činnost PDP se odehrává na bázi dobrovolnické služby, čili jakákoliv činnost v PDP vykonávaná je službou dobrovolníků, kteří mají své vlastní zaměstnání, které je zdrojem jejich osobních příjmů, zatímco provoz a výdaje s touto činností spojené jsou hrazeny ze sponzorských darů. Osobní výdaje s činností v PDP spojené si dobrovolníci doposud hradili sami.
Praxe ukázala, že minimálně vedení kanceláře a sekretariátu vyžaduje alespoň jednoho pracovníka s trvalým úvazkem, který by byl schopen celodenní služby (telefonáty, pošta a vyřizování úředních záležitostí, čili úředního chodu organizace). Kancelář se v současné době nachází v Chrudimi na adrese Tovární 1112, je ovšem možné, že bude časem přeložena do Pardubic. Návštěva je možná kdykoliv po předběžné domluvě.